10월 1일 불법목재 교역제한제도가 본격 시행되면서 목재 합법성 증명을 위한 서류들을 제출할 때, 수출공장의 정보가 공개돼 자칫 영업상 피해를 입을 수 있다는 문제가 제기됐다. 
업체들은 10월 1일부터 목재 수입시 ▲목재 합법성을 입증하는 서류를 반드시 확보하고 ▲관세청 전자통관시스템(UNI-PASS)을 통해 목재 합법성을 입증하는 서류 및 상업송장을 첨부해 수입신고서를 산림청장에게 제출해야 한다. 이후 ▲서류검사 결과 적합시 산림청장은 수입신고확인증을 발급하고, 수입업자는 동 서류를 포함해 세관장에게 관세법에 따른 관세신고를 한 후 통관할 수 있다. 이 절차를 위반하면 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금을 내야 한다. 
하지만 국내 유통 구조상 수출공장-중계무역 회사-한국 수입회사를 통한 거래가 많은데, 수출공장의 합법증명 서류를 중계무역 회사가 한국 수입사에게 원문 그대로 넘겨줄 경우 수출공장에 대한 정보가 그대로 공개되는 위험이 있다. 이는 장래에 중계무역 회사를 통하지 않고 수출공장과 한국 수입사가 직거래 할 수 있는 빌미를 제공할 수 있다는 우려가 제기됐다. 
이에 중계무역을 하는 A사 관계자는 “우리 회사는 실제 계약 및 대금결제의 당사자 이기에 인보이스와 패킹은 하고 있지만, 최종 수입자는 아니어서 수입신고 및 수입통관은 한국 수입회사가 하고 있다. 수출공장에서 받은 합법증명 서류를 한국 수입사에게 그대로 전달하면 공장의 정보가 고스란히 노출된다. 수출공장 정보는 회사 자산으로써 대외비로 운영되는데 수출통관시 원문을 첨부하면 수출공장의 주소, 연락처, 대표이사, 직인, 포워더 등 모든 정보가 노출되는 위험이 있다”며 서류 제출에 있어 산림청 정책에 문제가 있다고 지적했다. 이어 “이러한 서류 제출은 정보가 노출되기 때문에 향후 다른 중계업체들이 이 사실을 모르고 관련 서류들을 바이어에 제공할 경우 어느 순간 중계회사가 배제된 채 수출공장과 한국 수입회사가 직거래할 가능성이 매우 커, 결국은 중계무역 회사를 중장기적으로 말살시키는 정책”이라고 지적했다. 
또 다른 B사 관계자는 “요즘은 회사명이나 연락처가 인터넷에 검색해도 금방 찾기 때문에 상호나 대표자명을 오픈한다는 건 영업 비밀이 공개되는 셈이다. 어렵게 발굴한 수출공장이 경쟁사에게 뺏기는 상황이 될 수 있다”며 “요즘은 직거래 시대이기 때문에 소비자가 마음만 먹으면 해외직구로 바로 살 수 있지 않은가. 함수율·치수 불량·곰팡이·수축 등 목재가 가진 특수성 때문에 회사들은 더욱 더 수출공장과 직거래하고 싶어 한다. 산림청은 나무 보호에만 급급한 나머지 산업에 대한 보호는 전혀 관심이 없다”고 하소연 했다. 
이에 산림청 임업통상팀 관계자는 “합법성 증명서류에 수출공장의 연락처나 중요정보들은 가리더라도 수출공장의 상호나 대표자명중 하나는 공개돼야 한다. 중요 정보가 기재되지 않으면 나중에 추적하기 어려운 부분이 있다”고 말했다. 
한편 불법목재 교역제한제도는 ‘목재이용법·시행령·시행규칙’ 개정(18.3.6. 공포)에 따라 10월 1일부터 7개 품목(원목, 제재목, 방부목재, 난연목재, 집성재, 합판, 목재펠릿)을 대상으로 우선 시행된다.